В функции Агентства в частности входит:
предоставление комплексных экспертно-консультационных услуг малым предприятиям в инновационной сфере, включая консультирование по вопросам охраны интеллектуальной собственности, продвижения инновационной продукции, привлечения финансовых ресурсов;
организация работы по отбору и финансированию инновационных проектов малых предприятий (прием и рассмотрение заявок, обеспечение деятельности Научно-технического совета для проведения комплексной экспертизы, подготовка заявок для рассмотрения на финансовой комиссии Правительства Москвы) и т.д.